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Recursion Pharmaceuticals應(yīng)用AI圖像技術(shù)有效開發(fā)新療法

作者:晏語  來源: 動(dòng)脈網(wǎng)
  2018-06-26
在許多情況下,藥物的最終治療效果和設(shè)計(jì)目的會(huì)有所出入。例如,輝瑞制藥開發(fā)的萬艾可,最初以治療心血管疾病為目的,但卻因其完全不同的療效在市面上廣受歡迎。

       在許多情況下,藥物的最終治療效果和設(shè)計(jì)目的會(huì)有所出入。例如,輝瑞制藥開發(fā)的萬艾可,最初以治療心血管疾病為目的,但卻因其完全不同的療效在市面上廣受歡迎。

       如果制藥公司能先行一步升級(jí)機(jī)器人顯微鏡技術(shù)和圖像處理軟件,同時(shí)通過實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)潛在新藥靶標(biāo),這對(duì)他們在精確制藥上的幫助是毋庸置疑的。

       Recursion Pharmaceuticals就是一家運(yùn)用計(jì)算機(jī)視覺技術(shù)來處理細(xì)胞圖像,通過分析細(xì)胞特征來評(píng)估疾病細(xì)胞藥后反應(yīng)結(jié)果的公司。

       他們使用先進(jìn)的成像技術(shù)和人工智能技術(shù)進(jìn)行高通量的細(xì)胞模型實(shí)驗(yàn),致力于在上百種疾病的細(xì)胞模型中進(jìn)行上千種候選藥物的檢測,最終找出對(duì)應(yīng)不同疾病的新藥。

       據(jù)動(dòng)脈網(wǎng)了解,該公司可對(duì)細(xì)胞進(jìn)行超乎尋常的細(xì)致檢查。他們利用軟件對(duì)一個(gè)細(xì)胞的上千種特征進(jìn)行測定,比如細(xì)胞核的尺寸、形狀或者不同細(xì)胞內(nèi)區(qū)域間的距離等。這種精密的細(xì)胞研究不僅推動(dòng)了醫(yī)療行業(yè)對(duì)疾病的認(rèn)知,探索和診斷,并且加速了制藥模式的轉(zhuǎn)變,使患者大為受益。

       運(yùn)用細(xì)胞的顯微圖像特征來進(jìn)行藥物篩選的企業(yè)并不少見,而Recursion Pharmaceuticals的獨(dú)特之處是結(jié)合機(jī)器自動(dòng)化和人工智能技術(shù),大規(guī)模地并行多個(gè)實(shí)驗(yàn)。

       現(xiàn)在,Recursion的實(shí)驗(yàn)室每周可以進(jìn)行3萬個(gè)實(shí)驗(yàn)。Recursion的首席執(zhí)行官Chris Gibson博士認(rèn)為在不久的將來他們可以每周進(jìn)行幾十萬個(gè)實(shí)驗(yàn)。

       研究表明,約10%的美國人受到罕見疾病的困擾,其中大部分病癥源于缺少相應(yīng)的治療方法。

       Recursion Pharmaceuticals表示,他們已經(jīng)找出15種治療罕見疾?。ㄖ冈诿绹颊邤?shù)少于20萬的疾?。┑暮蜻x藥物。這些疾病大多為遺傳病,目前將近有七千種罕見病登記在案。

       Recursion Pharmaceuticals于2013年在美國猶他州鹽湖城成立。2018年6月,該公司已從Square 1銀行獲得2000萬美元的信用貸款。

       團(tuán)隊(duì)力量實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)治療

       Recursion Pharmaceuticals聯(lián)合創(chuàng)始人兼CEO Gibson博士表示,公司正在努力通過合作實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)治療。他堅(jiān)信,開展高控制、高組織生物數(shù)據(jù)的收集和應(yīng)用是實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)的核心。

       2005年,Chris Gibson在美國萊斯大學(xué)獲得管理研究學(xué)的文學(xué)學(xué)士以及生物工程和生物醫(yī)學(xué)技術(shù)的科學(xué)學(xué)士。2009年,Chris Gibson在美國猶他大學(xué)開始了生物工程和醫(yī)學(xué)的博士學(xué)習(xí),并在2013年獲得學(xué)位證書。

       研究期間,Gibson博士主要開展了有關(guān)工程和生物學(xué)方面的心血管學(xué)習(xí)。在導(dǎo)師Dean Li博士的協(xié)助下,他建立了以提高新生物識(shí)別效率的分析系統(tǒng),為后來Recursion Pharmaceuticals的創(chuàng)業(yè)基礎(chǔ)打下伏筆。

       2013年,Gibson博士在斯坦福研究生商學(xué)院獲得了Ignite證書。斯坦福大學(xué)Ignite證書是一個(gè)為企業(yè)家,商業(yè)家及創(chuàng)業(yè)領(lǐng)導(dǎo)者提供的學(xué)術(shù)項(xiàng)目,參與者們可以學(xué)習(xí)到商業(yè)相關(guān)的技能,從中獲取商業(yè)化新企業(yè)的經(jīng)驗(yàn)。

       此外,Gibson博士也是CureHHT的董事會(huì)成員之一。HHT全稱為遺傳性出血性毛細(xì)血管擴(kuò)張癥,是一種導(dǎo)致多個(gè)器官血管畸形的遺傳性疾病。CureHHT基金會(huì)也是世界上唯一一個(gè)關(guān)注患有該疾病患者的倡導(dǎo)性組織。

       作為Recursion Pharmaceuticals的科學(xué)指導(dǎo)之一,Yoshua Bengio博士曾說過:“Recursion利用深度學(xué)習(xí)探究了數(shù)百萬個(gè)高分辨率細(xì)胞圖像,它們所具備的潛力和影響足以促進(jìn)醫(yī)學(xué)廣度下從未見過的生物發(fā)掘。”

       Yoshua Bengio博士是一名來自加拿大魁北克的計(jì)算機(jī)科學(xué)家,他致力于人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和深度學(xué)習(xí)方面的研究,試圖理解人工智能產(chǎn)生的原理。截止于2017年9月,他的研究成果在Google Scholar上已有超過80000次引用。

       Bengio博士于1991年獲加拿大麥吉爾大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)博士學(xué)位,曾是麻省理工學(xué)院和AT&T貝爾實(shí)驗(yàn)室的博士后研究員。他與英國計(jì)算機(jī)心理學(xué)家Geoffrey Hinton,F(xiàn)acebook人工智能實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人Yann LeCun合稱為神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)領(lǐng)域的三巨頭。

       自1993年以來,他作為教職員工在蒙特利爾大學(xué)教學(xué),一心投入學(xué)術(shù),企圖培養(yǎng)成千上萬個(gè)科學(xué)家和工程師。同時(shí),他也是蒙特利爾學(xué)習(xí)算法研究院(MILA)的主要負(fù)責(zé)人、加拿大高級(jí)研究學(xué)院機(jī)器與大腦學(xué)習(xí)項(xiàng)目的聯(lián)合主任。

       2017年,Bengio博士被授予加拿大官員榮譽(yù)勛章,并被任命為加拿大皇家學(xué)會(huì)院士。加拿大官員榮譽(yù)勛章是加拿大勛章的分支之一,主要頒發(fā)給為加拿大人民做出杰出貢獻(xiàn)、服務(wù)的社會(huì)成員。同年,他也榮獲Marie-Victorin魁北克獎(jiǎng)。

       Bengio博士目前是“機(jī)器學(xué)習(xí)研究期刊”的編輯,“神經(jīng)計(jì)算期刊”的副主編,“機(jī)器學(xué)習(xí)基礎(chǔ)和趨勢”的編輯以及“機(jī)器學(xué)習(xí)期刊”和“IEEE神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)學(xué)報(bào)”的副編輯。

       Recursion公司的戰(zhàn)略與合作

       作為Recursion Pharmaceuticals的聯(lián)合創(chuàng)始人兼CEO,Chris Gibson博士制定了公司的業(yè)務(wù)戰(zhàn)略——通過不斷定位和探究罕見病癥患者所服用的藥物,積極推進(jìn)創(chuàng)新制藥,以獲得相應(yīng)的商業(yè)價(jià)值。

       Gibson博士表示:“實(shí)驗(yàn)生物學(xué)與生物信息學(xué)的結(jié)合能夠使我們更高效地工作。同時(shí),我們正努力在制藥領(lǐng)域中建立更多的合作關(guān)系,以迅速實(shí)現(xiàn)Recursion Pharmaceuticals的業(yè)務(wù)戰(zhàn)略為目的。”

       2016年11月,Recursion Pharmaceuticals獲1500萬美元A輪投資,投資方為分別是Felicis Venturs, Data Collective, AME Cloud Ventures, Lux Capital, EPIC Ventures和Obvious Ventures。

       根據(jù)Recursion公司的報(bào)道,這筆融資將協(xié)助公司開發(fā)“平臺(tái)2.0”。一方面,研究人員每年研究的罕見病病種可從過去的數(shù)十個(gè)升至數(shù)千個(gè)。另一方面,新的平臺(tái)可以幫助他們了解罕見病領(lǐng)域中的已知藥物、生物活性化合物和那些被擱置的制藥資產(chǎn)。

       2017年10月,Recursion Pharmaceuticals獲6000萬美元B輪投資,投資方分包括以Data Collective帶頭的10家風(fēng)投企業(yè)。

       Gibson博士表示,B輪的融資大力支持了公司在藥物定位道路上的不斷前進(jìn)。他們將運(yùn)用這筆資金與大型制藥公司建立合作,構(gòu)建公司內(nèi)部的治療渠道,拓展新興的治療領(lǐng)域。

       Gibson博士堅(jiān)信:“Recursion在數(shù)億個(gè)生物干擾問題上將持續(xù)增加大量、高維的數(shù)據(jù)集。同時(shí),我們也會(huì)做好準(zhǔn)備對(duì)基因、蛋白質(zhì)和化學(xué)物質(zhì)之間的萬億種關(guān)系進(jìn)行可靠的生物分析。”

       2017年11月,Recursion Pharmaceuticals宣布與Splunk公司正式合作。Recursion運(yùn)用Splunk的技術(shù)將生物科學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)相結(jié)合,從成千上萬的細(xì)胞培養(yǎng)物圖片以及數(shù)萬億DNA鏈中的生成數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和比對(duì)。

       Recursion Pharmaceuticals目標(biāo)在2025年實(shí)現(xiàn)100種分子遺傳疾病的治療。

       Splunk IT市場高級(jí)副總裁Rick Fitz表示,Splunk非常榮幸能夠幫助Recursion把機(jī)器數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成治療遺傳疾病的方法。Splunk在其解決方案中提供機(jī)器學(xué)習(xí)功能,充分挖掘數(shù)據(jù)的價(jià)值,幫助企業(yè)解決問題,在某些情況下甚至能挽救生命。

       如何應(yīng)用AI圖像技術(shù)發(fā)現(xiàn)新藥、開拓療法?

       雖然目前Recursion Pharmaceuticals還沒有任何產(chǎn)品上市,但它在藥物研發(fā)中有已有15種對(duì)應(yīng)罕見病癥的療法。聯(lián)合創(chuàng)始人兼CEO Gibson博士表示,他們發(fā)現(xiàn),一些潛在的療法已經(jīng)被其它醫(yī)藥公司應(yīng)用于臨床試驗(yàn)。

       “從盈利角度上來說這是件令人沮喪的事,但是從科學(xué)角度上來說,這證實(shí)了Recursion公司技術(shù)的有效性,”Gibson博士表示。“我們能夠運(yùn)用獨(dú)特的圖像分析在醫(yī)療領(lǐng)域中有效地開發(fā)新療法。”

       Recursion公司的技術(shù)平臺(tái)利用最新的生物技術(shù)構(gòu)建了上百種模擬罕見病的細(xì)胞模型,通過先進(jìn)的成像技術(shù)對(duì)這些模擬罕見病的細(xì)胞模型拍照。如同罕見病患者會(huì)表現(xiàn)出患病癥狀一樣,罕見病的細(xì)胞模型也會(huì)在細(xì)胞結(jié)構(gòu)上表現(xiàn)出特定的特征,而這些特征可以從顯微照片中發(fā)掘出來。

       研究期間,Recursion的圖像分析軟件會(huì)對(duì)顯微照片上將近1000種細(xì)胞結(jié)構(gòu)特征進(jìn)行分析,從中找出與疾病相關(guān)的細(xì)胞特征。然后,該軟件能根據(jù)這些細(xì)胞的特征,幫助研究人員在包含有2000種已知化合物的數(shù)據(jù)庫中找出可以糾正這些細(xì)胞特征的療法。

       1. 化學(xué)藥物引領(lǐng)制藥行業(yè)

       Recursion Pharmaceuticals表示,他們的藥物發(fā)現(xiàn)包括定位可逆轉(zhuǎn)復(fù)雜表型化合物和能夠在正交疾病特異性化驗(yàn)中保持活性的化合物。

       他們利用公司的特色技術(shù)開發(fā)了“智能藥庫”,以實(shí)現(xiàn)功能多樣性化以及開展高效平行篩選為主要目的。其篩選過程如下:

       Recursion從公司的父庫中掃描出多種可生成高緯度表型信號(hào)的細(xì)胞種類,同時(shí)通過研究判斷細(xì)胞的運(yùn)動(dòng)機(jī)制和**變化。

       根據(jù)表型/功能多樣性的化特征建立一個(gè)“智能藥庫”,其中包括一小部分母庫,以提高藥物篩選效率為主要目的。

       在數(shù)百種疾病模型中篩選出“智能藥庫”的細(xì)胞,并對(duì)其進(jìn)行研究和深度試驗(yàn)。

       與合作伙伴一起制定方案,共同優(yōu)化具備高維度和**信號(hào)的細(xì)胞系列。

       2. 以藥物發(fā)現(xiàn)為最終目標(biāo)

       Recursion Pharmaceuticals在全基因組范圍內(nèi)進(jìn)行客觀的抑制基因篩選,為其合作伙伴在數(shù)百種疾病模型中提供專業(yè)的生物見解。

       Recursion公司的分子生物學(xué)家和計(jì)算機(jī)團(tuán)隊(duì)將功能基因組學(xué)和復(fù)雜的AI技術(shù)結(jié)合在研究項(xiàng)目中,以滿足合作伙伴的需求為目的,開展相關(guān)的目標(biāo)識(shí)別和驗(yàn)證。

       “目前的AI領(lǐng)域有不少炒作,許多人承諾的東西并不會(huì)成真,” 聯(lián)合創(chuàng)始人兼CEO Gibson博士強(qiáng)調(diào)。“但行業(yè)里有一些真正的機(jī)遇,能對(duì)行業(yè)進(jìn)行增強(qiáng),協(xié)助它演化。利用計(jì)算機(jī)引擎,這個(gè)行業(yè)將會(huì)得到迅速發(fā)展和提升。”

       眼下的這一系列進(jìn)步激動(dòng)人心,Gibson博士期待在他60歲時(shí)臨床新藥的成功率能增加4倍。這樣的成功將進(jìn)一步推進(jìn)新的商業(yè)模式,在醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)中形成正向循環(huán)。

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