在醫(yī)藥行業(yè),新藥研發(fā)的產(chǎn)率低下一直是個(gè)揮之不去的痛點(diǎn)。根據(jù)德勤今年早些時(shí)候的一份報(bào)告,推動(dòng)一款新藥上市的成本高達(dá)21.68億美元!以2018年FDA共批準(zhǔn)59款新藥計(jì),它們的總成本足以向火星上發(fā)送51輛登陸探測(cè)車(chē)。在此趨勢(shì)下,大型醫(yī)藥公司的創(chuàng)新回報(bào)率也降到了9年來(lái)的,僅為1.9%。
而說(shuō)到新藥研發(fā)漫漫征途中的瓶頸,就不得不提化學(xué)合成這一關(guān)鍵環(huán)節(jié)。很多時(shí)候,科學(xué)家們不得不花上幾周的時(shí)間,通過(guò)多個(gè)繁瑣的步驟,才能初步合成一種新藥分子。更不幸的是,哪怕經(jīng)過(guò)了再精心的設(shè)計(jì),限于化學(xué)反應(yīng)自身的特性,合成步驟中也還是會(huì)出現(xiàn)許多預(yù)料之外的反應(yīng),讓我們無(wú)法得到足夠的新藥分子,或要改變路線(xiàn),從頭開(kāi)始。
“通常來(lái)看,新藥研發(fā)人員需要花上幾年的時(shí)間,探索數(shù)以千計(jì)的化合物,才能找到一個(gè)具有臨床潛力的分子。因此,對(duì)這些化合物一個(gè)個(gè)進(jìn)行合成,加起來(lái)就成為了主要的限速步驟。”藥明康德藥物化學(xué)副總裁,2013年美國(guó)化學(xué)會(huì)(ACS)“化學(xué)英雄獎(jiǎng)”獲獎(jiǎng)?wù)咝l(wèi)小文博士說(shuō)道:“新藥研發(fā)中有著大量的分子合成需求,單個(gè)分子的合成失敗率高,延長(zhǎng)了藥物設(shè)計(jì)、合成、以及測(cè)試的周期?,F(xiàn)在,我們已經(jīng)找到了縮短運(yùn)作周期的重要工具——量子化學(xué)。”
薛定諤的方程
有人將“薛定諤方程”視為量子化學(xué)的開(kāi)端。1926年,量子力學(xué)奠基人之一薛定諤在《物理年鑒》上發(fā)表了自己的這一工作,并迅速在量子力學(xué)領(lǐng)域引起轟動(dòng)。利用薛定諤方程,人們能夠理解量子系統(tǒng)的物理性質(zhì),從而得到了一種理解微觀(guān)世界規(guī)律的工具。
薛定諤方程提供了理解微觀(guān)量子世界的新工具
這一工具很快就吸引了化學(xué)家的注意。利用量子力學(xué)的方法,科學(xué)家們建立了分子軌道理論。根據(jù)這個(gè)理論,電子分布在整個(gè)分子上,而非將自己的范圍限定在單個(gè)原子周?chē)Mㄟ^(guò)理解電子如何運(yùn)動(dòng),我們就能更準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)化學(xué)反應(yīng)。
接下來(lái)的幾十年里,這一領(lǐng)域經(jīng)歷了快速發(fā)展。1998年,沃爾特·科恩(Walter Kohn)教授由于其在密度泛函理論中的卓越貢獻(xiàn),與開(kāi)發(fā)了量子化學(xué)重要計(jì)算方法的約翰·波普爾(John Pople)教授一道,共享了當(dāng)年的諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng),也為這一時(shí)代添加了完美的注腳?;厮輾v史,在這幾十年中,量子化學(xué)方法不斷推進(jìn)人類(lèi)對(duì)微觀(guān)世界的理解極限。隨著最近幾年計(jì)算機(jī)運(yùn)算能力的爆炸式增長(zhǎng),量子化學(xué)方法也得到了廣泛應(yīng)用。
打造量子化學(xué)平臺(tái)
在每一臺(tái)普通電腦都可以有強(qiáng)大運(yùn)算能力的當(dāng)下,藥物化學(xué)家們積極擁抱量子化學(xué),使其成為了分析和預(yù)測(cè)化學(xué)的工具。在藥明康德,衛(wèi)小文博士與他的團(tuán)隊(duì)建立了一個(gè)出色而實(shí)用的量子化學(xué)平臺(tái)。通過(guò)計(jì)算和分析占據(jù)分子軌道(HOMO),未占分子軌道(LUMO),LUMO map,反應(yīng)能量分布(Reaction Energy Profile),以及過(guò)渡態(tài)能量等,這支團(tuán)隊(duì)對(duì)許多種不同類(lèi)型的化學(xué)反應(yīng)進(jìn)行了最基礎(chǔ)層面上的量子化學(xué)分析,理解反應(yīng)背后更深層的機(jī)理,成功將量子力學(xué)轉(zhuǎn)變?yōu)榱藢?shí)用性極佳的預(yù)測(cè)性工具。
“合成化學(xué)家往往會(huì)用直覺(jué)來(lái)對(duì)化學(xué)進(jìn)行分析。這種方法很有效,但也有自己的局限,”衛(wèi)小文博士說(shuō)道:“要突破這些局限,就是要尋找一個(gè)更好的方法,去了解這些靠直覺(jué)‘分析不到’的反應(yīng)。量子力學(xué)的確可以讓我們?cè)诟?,更為基礎(chǔ)的層面上進(jìn)行思考。”
思考的結(jié)果,是更為精準(zhǔn)和高效的化學(xué)合成設(shè)計(jì)。衛(wèi)小文博士透露,利用這一量子化學(xué)計(jì)算平臺(tái),如今化學(xué)家們通過(guò)合成設(shè)計(jì),可以預(yù)測(cè)立體化學(xué)的區(qū)域選擇性,理性評(píng)估副產(chǎn)物的出現(xiàn)率,并確認(rèn)反應(yīng)的活性——“相比其他方法,我們的化學(xué)家使用量子力學(xué)設(shè)計(jì)更好的反應(yīng)路線(xiàn),減少失敗率,同時(shí)提高產(chǎn)物的產(chǎn)率,并縮短我們完成‘藥物設(shè)計(jì)、合成、以及測(cè)試’的周期。合成得越快,創(chuàng)新能力就越強(qiáng)。”
嶄新的天地
衛(wèi)小文博士指出,如今的候選藥物分子結(jié)構(gòu)正變得越來(lái)越復(fù)雜。使用量子力學(xué)的數(shù)據(jù)指導(dǎo)化學(xué),合成過(guò)程可以?xún)?yōu)化得更快更準(zhǔn)確,減少副反應(yīng)的發(fā)生,并防止合成步驟走入死胡同。此外,從一個(gè)系統(tǒng)中學(xué)到的合成原則,還可以應(yīng)用于其他不同的系統(tǒng),用來(lái)合成那些在地球上從來(lái)沒(méi)有出現(xiàn)過(guò)的雜環(huán)。
舉例而言,量子化學(xué)已經(jīng)在抗體與藥物之間的偶聯(lián)上展現(xiàn)了自己的潛力。作為長(zhǎng)久以來(lái)的瓶頸之一,想要將藥物偶聯(lián)到抗體上,一直不是一件容易的事情。“過(guò)去的‘藥物-抗體’比值大約在0.6,而理想的情況應(yīng)該是2,”衛(wèi)小文博士介紹到:“在藥明康德,我們沒(méi)有使用pKa(酸解離常數(shù)),而是通過(guò)LUMO計(jì)算尋找到了更好的離去基團(tuán)。這大大提高了偶聯(lián)的效率,使“藥物-抗體’比值提高到了1.9,這是一個(gè)有巨大潛力的結(jié)果。”
這一出色的量子化學(xué)平臺(tái)不僅為合作伙伴們帶來(lái)了更優(yōu)質(zhì)的服務(wù),更受到了全球合成化學(xué)與藥物化學(xué)群體的關(guān)注。在過(guò)去的幾年時(shí)間里,衛(wèi)小文博士在全球多個(gè)生物醫(yī)藥中心,知名學(xué)府與藥物研發(fā)機(jī)構(gòu)進(jìn)行了專(zhuān)題分享,以讓更多的化學(xué)家能夠駕馭量子化學(xué)的力量,加速全球新藥研發(fā)。
“針對(duì)不同水平的化學(xué)家,我們也相應(yīng)開(kāi)設(shè)了不同水平的研討會(huì),將這一知識(shí)傳授給他們,”衛(wèi)小文博士說(shuō)道:“我們希望化學(xué)家們能夠更深入地思考他們所做的化學(xué),并把量子計(jì)算整合到每天的工作中去。盡管這一系統(tǒng)的門(mén)檻很高,但我們發(fā)現(xiàn),使用這些工具的合成化學(xué)家已經(jīng)能夠挑戰(zhàn)更復(fù)雜的化學(xué)結(jié)構(gòu),更精準(zhǔn)地預(yù)測(cè)化學(xué)反應(yīng),解決合成問(wèn)題。”
展望未來(lái),衛(wèi)小文博士充滿(mǎn)信心:“將量子計(jì)算與合成設(shè)計(jì)進(jìn)行結(jié)合的時(shí)代已經(jīng)到來(lái)。使用這些技術(shù)的人越多,我們的經(jīng)驗(yàn)和洞見(jiàn)也會(huì)越豐富。這種分析、思考方法能造就更具慧眼的化學(xué)家,并進(jìn)一步為我們的合作伙伴提供更好的賦能。我很高興能在藥明康德主導(dǎo)這些出眾的工作,也期望這些進(jìn)展能從根本上幫助我們的合作伙伴取得成功,更快、更有效地把更多更好的藥物帶給全球病患!”
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