近日，國(guó)際醫(yī)學(xué)期刊《癌癥研究》刊發(fā)四川大學(xué)華西醫(yī)院院長(zhǎng)李為民教授及謝丹教授團(tuán)隊(duì)相關(guān)研究文章，該研究整合染色質(zhì)開(kāi)放測(cè)序（ATAC-seq）、全基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，通過(guò)對(duì)50例非小細(xì)胞肺癌組織開(kāi)展多組學(xué)測(cè)序，發(fā)現(xiàn)了不同病理類型的肺癌具有各自獨(dú)特的染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域特征。李為民表示，這揭示了肺癌復(fù)雜的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，對(duì)未來(lái)開(kāi)發(fā)新的肺癌靶向藥物奠定了重要基礎(chǔ)，有助于推動(dòng)建立新的肺癌治療方法和干預(yù)模式。
李為民介紹，近年來(lái)，肺癌基因組測(cè)序研究已揭示部分基因突變與肺癌之間的關(guān)聯(lián)，但仍有一部分肺癌患者沒(méi)有明顯的驅(qū)動(dòng)基因突變，而是在表觀遺傳層面發(fā)生了改變。其中，染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域是一項(xiàng)重要的表觀遺傳學(xué)特征；開(kāi)放染色質(zhì)的存在往往意味著相應(yīng)DNA調(diào)控元件的激活，可以調(diào)控下游基因表達(dá)。鑒于復(fù)雜的基因調(diào)控模式，整合基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀遺傳組等多組學(xué)數(shù)據(jù)，從多層面揭示肺癌復(fù)雜的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)具有重要意義。
研究發(fā)現(xiàn)，肺鱗癌特有的開(kāi)放區(qū)域出現(xiàn)在上皮細(xì)胞角質(zhì)化過(guò)程有關(guān)的基因周圍；早期肺腺癌特有的開(kāi)放區(qū)域出現(xiàn)在與預(yù)后有關(guān)的基因周圍。而且，研究者在肺癌樣本中發(fā)現(xiàn)了一些較寬的開(kāi)放區(qū)域分布，這些特殊的開(kāi)放區(qū)域主要在基因的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近出現(xiàn)富集，他們不但表現(xiàn)出癌種特有的分布特征，還與基因表達(dá)的混亂程度相關(guān)。這一現(xiàn)象提示，寬開(kāi)放區(qū)域可能參與了腫瘤基因調(diào)控紊亂的過(guò)程。
該研究發(fā)現(xiàn)了21個(gè)與基因組開(kāi)放區(qū)域及轉(zhuǎn)錄本表達(dá)調(diào)控有關(guān)的數(shù)量性狀座位。研究還證實(shí)了此前肺癌全基因組關(guān)聯(lián)分析研究中提出的，與肺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的位點(diǎn)參與基因組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的模式。這些調(diào)控位點(diǎn)及調(diào)控模式，可以作為肺癌診斷及藥物設(shè)計(jì)的靶標(biāo)，指導(dǎo)肺癌的精準(zhǔn)化治療。
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